Региональная структура программы БОМКА в Центральной Азии состоит из регионального офиса в Бишкеке (Кыргызстан) и офисов страновых координаторов в каждой из стран Центральной Азии. Она несет прямую ответственность за планирование, организацию и выполнение всей проектной деятельности на местах.